データファイル（hoge.dat）が

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# lvl energy
  1   -1.0
# x   phiR  phiI
  1   0.0   0.0
  2   0.1   0.1
  3   0.2   0.2
  4   0.3   0.3

# lvl energy
  2   -0.9
# x   phi
  1   0.0   0.0
  2   0.1   0.1
  3   0.2   0.2
  4   0.3   0.3

# lvl energy
  3   -0.8
# x   phi
  1   0.0   0.0
  2   0.1   0.1
  3   0.2   0.2
  4   0.3   0.3

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のように並んでいるとする。

lvl=2のデータのみプロットしたいときには、gnuplot内でリダイレクト機能（<）を用いて

gnuplot> plot "< cat hoge.dat | awk 'BEGIN{sw=0; targetlvl = 2} {if (NF == 2 && $1 == targetlvl) {sw=1} else {if (NF == 2 && $1 == targetlvl+1) {sw=0}; if (sw == 1) print $0 }}' " u 1:2 w lp

などとすれば良い。